Attira così l’interesse della Fiorentina, che nell’estate 2005 lo porta al Franchi per 10 milioni di euro: è un affare per i viola, come dimostrano le 33 reti messe a segno dal bomber emiliano in 42 incontri disputati, che gli valgono la qualificazione ai Mondiali di Germania 2006 vinti con l’Italia di Lippi. Nella competizione chiude i giochi nel quarto di finale vinto 3-0 contro l’Ucraina con una doppietta che proietta gli azzurri alla storica semifinale contro la Germania padrona di casa. Dopo la seconda annata a Firenze viene ceduto al Bayern Monaco, lasciando la Fiorentina dopo aver vinto la classifica cannonieri nel 2006 e la Scarpa d’oro nello stesso anno con 31 gol. In Baviera il centravanti si ripete e vince la classifica marcatori della Bundesliga (24 gol) e della Coppa UEFA (10 gol) nel 2007-2008.
Quando la sua carriera sembrava ormai volgere al termine, dopo aver indossato le maglie di Roma, Genoa e Juventus, passa al club qatariota dell’Al-Nasr, allenato dal connazionale Walter Zenga. Ma Toni sente di avere ancora tanto da dare al calcio che conta e così il destino gli dà una mano nel 2012, quando la Fiorentina lo ricontatta dopo aver perso Berbatov, passato al Fulham. L’attaccante non può che accettare e a Firenze torna a dimostrare tutto il suo valore, realizzando 8 reti in 27 presenze e rendendosi sempre utile alla causa viola.
L’anno successivo si trasferisce al neopromosso Verona di Mandorlini, di cui diventa sin da subito il principale punto di riferimento, anche grazie alla doppietta all’esordio nel successo per 2-1 contro il Milan. Al suo primo anno a Verona segna addirittura 21 gol in 36 presenze tra campionato e Coppa Italia. Un caso? Nient’affatto, l’anno dopo Toni non si ferma e fa addirittura meglio, andando a segno 23 volte in 39 partite. Quest’anno, invece, le cose sono andate diversamente per Toni e il “suo” Verona, che ha esonerato Mandorlini per chiamare Delneri ed ha salutato la Serie A dopo tre anni e una stagione piuttosto travagliata. Il bomber di Pavullo ha avuto comunque modo di dire la sua con 7 gol in 25 presenze e un cucchiaio su rigore nel match vinto 2-0 contro la Juventus, sua ultima partita da giocatore professionista di fronte al proprio pubblico.