A 17 anni, Sébastien si ritrova titolare nella bella e animata Cannes. Lo tiene d’occhio l’ che manda Zenga in Costa Azzurra a visionare il ragazzo. Zenga avrebbe dovuto vedere anche una partita oltre che a qualche allenamento ma gli bastano solo due allenamenti e una chiaccherata in una semplice pizzeria per chiamare Moratti e convincerlo a prelevare il ragazzo. Arriva in neroazzurro nell’ estate del 1998, sì, quella del Mondiale francese. Esordisce a marzo del 1999, subentrando a Pagliuca in un Samp-Inter 0-4. Grazie agli arrivi di Ferron e Peruzzi, Frey si trasferisce in prestito a Verona, sponda Hellas, in cui allena Cesare Prandelli. Le cose vanno alla grande sia per Sèba che per l’ Hellas: il francese instaura un grande feeling con Prandelli, i due si ritroveranno a Parma e a Firenze qualche anno più tardi, mentre la squadra si salva tranquillamente. Nel 2000 Frey torna all’Inter che ha piazzato Peruzzi alla Lazio campione d’Italia. La stagione in neroazzuro è opaca complice soprattutto il famoso quanto inquietante 6-0 nel derby della Madunina.
Moratti cambia e dopo Lippi arriva in panchina Cuper che punta su Toldo e costringe Frey a migrare verso Parma per rimpiazzare Buffon passato alla Juve. Nostalgia Time, in quel Parma vi erano: Fabio Cannavaro, Nakata, Di Vaio, Sensini, Ferrari, Diana e Boghossian. Frey arriva col difficile compito di dover far dimenticare Buffon, cosa non da poco, anzi.
A Parma il secondo di Frey è un campione del mondo: Claudio Taffarel. La stagione è amara ma non troppo. Dopo l’ eliminazione nei preliminari di Champions col Lille e l’eliminazione agli ottavi della Coppa UEFA per via dell’ Hapoel Tel Aviv, la società emiliana conquista la Coppa Italia, battendo la Juventus di Buffon. Questo sarà il primo e unico trofeo conquistato da Frey. A Parma l’ anno dopo arriva Prandelli ma le cose, col passare del tempo, non vanno bene finanziariamente e il crack Parmalat costringe Frey e molti suoi compagni ad abbandonare il Tardini.
Dopo 4 anni in gialloblu Frey firma per la Fiorentina, in cerca di una stagione finalmente tranquilla. Nell’ estate del 2005 in riva all’ Arno è tempo di rivoluzioni: arriva una certezza del campionato italiano come Prandelli, arrivano giocatori come Toni, Stefano Fiore, Gamberini, Brocchi, Donadel e Montolivo. Il campionato è a dir poco strepitoso (quarto posto), ma non per il portiere il quale in una gara di Coppa Italia contro la Juve a gennaio 2006 si infortunia gravemente in un violento scontro con Zalayeta, la diagnosi parla di uno stop di minimo 3 mesi. Frey passa il momento più brutto della sua carriera tra palestra e riabilitazioni ed è in questo periodo che si avvicina al Buddhismo chiedendo consigli anche al Divin Codino. Frey rientra dal suo infortunio con qualche chilo in sovvrapeso, perdendo così parte della sua agilità, ma non della sua notevole reattività. Calciopoli però infiamma una già calda estate italiana e dopo il trionfo azzurro a casa dei tedeschi e contro i francesi (meglio di così..) al Mondiale, i verdetti per la Viola sono drastici: 19 punti di penalizzazione, ridotti poi a 15. Prandelli e giocatori si tiran sù le maniche e a fine stagione concluderanno il campionato a 58 punti che sommati ai 15 tolti, valevano un terzo posto a solo due lunghezze dalla Roma di Spalletti. I 58 punti valgono però la Coppa UEFA che la Fiorentina onora al meglio, arrivando fino alla semifinale coi Rangers. Da ricordare, in entrambi i match, Frey spettatore non pagante. La lotteria dei rigori al Franchi premia gli scozzesi e lascia la Fiorentina a bocca asciutta. La Viola arriva però quarta in Serie A e supera i successivi preliminari di Champions. Intanto Domenech continua ad ignorare Frey in ambito nazionale, ancora oggi le cause sono sconosciute.
I Della Valle investono sul mercato e arrivano, Jovetic, Vargas, Felipe Melo e Gilardino. Frey è diventato già da molto tempo l’idolo indiscusso della tifoseria ed è innegabile che a Firenze il francese abbia vissuto i migliori anni della sua carriera. Le cose belle però durano sempre troppo poco e finiscono con qualche sassolino nella scarpa.
Dopo ottime stagioni in Europa e pregievoli parate, Frey decide di cambiar aria dopo un altro grave infortunio e qualche malinteso coi Della Valle, che poi termineranno il rapporto con Prandelli, ripartendo da Mihajilovic. Il Genoa cerca un portiere e nel luglio del 2011 firma un quadriennale col Grifone. In Liguria però non trova il giusto ambiente e vi rimane solo due stagioni, concludendo l’ avventura in rossoblu con 74 presenze e 118 reti subite e questo la dice lunga sulle due stagioni agonianti del Genoa. Nel 2013, a ben 33 anni, passa ai turchi del Bursaspor per una cifra intorno ai 4 milioni di euro, per poi rimanere svincolato al termine della stagione 2014/15, decidendo di appendere le scarpette al chiodo nel Dicembre 2015.